Forum für Killifische, Cichliden und Welse - KCW-Forum
»
Killifische
»
Orestias
»
Phylogenetische Analyse des gesamten mitochondrialen Genoms von Orestias ascotanensis (Cyprinodontiformes, Cyprinodontidae)
Phylogenetische Analyse des gesamten mitochondrialen Genoms von Orestias ascotanensis (Cyprinodontiformes, Cyprinodontidae)
Autoren
Fang Meng ,Jian Chen ,Zengliang Miao ,Kehua Zhu ,Youkun Huang ,Qi Wang ,alle anzeigen Seiten 3884-3885 | Eingegangen am 28. September 2019, akzeptiert am 26. Oktober 2019, online veröffentlicht am 11. November 2019 https://doi.org/10.1080/23802359.2019.1687033
Abstrakt
Das vollständige mitochondriale Genom dieser Spezies wurde zuerst in dieser Studie bestimmt, die 16.617 bp lang ist und 13 proteinkodierende Gene, 2 rRNA-Gene, 22 tRNA-Gene, eine mutmaßliche Kontrollregion und 1 Replikationsursprung auf der Lichtquelle enthält. Strand. Die Gesamtbasenzusammensetzung umfasst C (27,11%), A (26,68%), T (29,15%), G (17,04%) und drei entartete Basen sind R, R und S. Darüber hinaus codieren die 13 PCGs insgesamt 3800 Aminosäuren , Von denen 12 das Initiationscodon ATG verwenden, außer COI, das GTG verwendet. Die meisten von ihnen haben TAA als Stopcodon, während ND5 mit AGA endet, vier proteincodierende Gene (ND1, ND2, ND3 und Cytb) mit TAG und zwei proteincodierende Gene (COII und ND4) mit dem unvollständigen Stop Codon als einzelnes T dargestellt.
Orestias ascotanensis , gehört zur Familie der Orestias , Cyprinodontiformes, ist ein subtropischer Fisch, der in den Gewässern des Ascotán-Sees in Chile, Südamerika, verbreitet ist und die mittleren und unteren Gewässer bewohnt (Morales et al. 2011 ). Obwohl zwei vollständige mitochondriale (mt) Genome von O. ascotanensis bestimmt wurden, wurde die mt-Genomsequenz von O. ascotanensis noch nicht beschrieben.
Hier haben wir das komplette mt-Genom von O. ascotanensis sequenziert und charakterisiert . Die Probe wurde aus Ascotán Lake, Chile, Südamerika (21 ° 5′2 ″ S, 70 ° 7′0 ″ W) entnommen und in einem Kühlschrank bei -80 ° C im National Engineering Research Center für Marine Aquaculture (Zugangsnummer) aufbewahrt : OA180917). Die gesamte genomische DNA wurde mit der Phenol-Chloroform-Methode aus dem Muskelgewebe eines Individuums extrahiert (Barnett und Larson 2012 ). Die Berechnung der Basenzusammensetzung und der phylogenetischen Konstruktion erfolgte mit der Software MEGA 6.0 (Tamura et al. 2013 ). Ähnlich dem typischen Mitogenom von Wirbeltieren, dem Mitogenom von O. ascotanensisist ein geschlossenes doppelsträngiges kreisförmiges Molekül mit 16.617 bp (GenBank-Zugangsnummer MN514981), das 13 proteinkodierende Gene, 2 ribosomale RNA-Gene, 22 tRNA-Gene und 2 nichtkodierende Hauptregionen enthält (Boore 1999 ; Zhu, Gong) et al., 2018 , Zhu, Lu et al., 2018 , Gong et al., 2017). Die Gesamtbasenzusammensetzung beträgt 26,68%, 29,15%, 27,11% und 17,04% für A, T, C bzw. G. Darüber hinaus umfasst es auch drei degenerierte Basen, nämlich R, R und S. Die meisten mitochondrialen Gene sind auf dem H-Strang kodiert, mit Ausnahme von ND6 und acht tRNA-Genen (tRNA-Gln, tRNA-Ala, tRNA-Asn, tRNA-Cys, tRNA -Tyr, tRNA-Ser, tRNA-Glu und tRNA-Pro), die am L-Strang kodiert sind. Alle von ihnen verwenden das Initiationscodon ATG, außer dass COI GTG verwendet, was bei mtDNA von Wirbeltieren recht häufig ist (Miya et al. 2001 ; Li et al. 2016 ; Jiang et al. 2018 ). Die meisten von ihnen haben TAA als Stopcodon, während ND5 mit AGA endet, vier proteincodierende Gene (ND1, ND2, ND3 und Cytb) mit TAG und zwei proteincodierende Gene (COII und ND4) mit einem unvollständigen Stopcodon T (Ojala et al.1981 ). Die 12S-rRNA und 16S-rRNA sind 943 und 1689 bp, die sich beide an den typischen Positionen zwischen tRNA-Phe und tRNA-Leu befinden, die durch tRNA-Val getrennt sind.
Um die phylogenetische Position dieser O. ascotanensis zu untersuchen , wurde ein phylogenetischer Baum konstruiert, der auf der NJ-Analyse von 12 PCGs basiert, die vom schweren Strang codiert werden. Die Ergebnisse der vorliegenden Studie legen nahe, dass O. ascotanensis eine engste Beziehung zu Poeciliopsis monacha aufweist , was durch einen Bootstrap-Wert von 100 ( Abbildung 1 ) unterstützt wird, was mit den Ergebnissen auf der Grundlage der Morphologie und anderer molekularer Methoden übereinstimmt.
Figure 1. Neighbour Joining (NJ) -Baum von 12 Cyprinodontiformes-Arten basierend auf 12 PCGs. Die Bootstrap-Werte basieren auf 10.000 Resamplings. Die Zahl an jedem Knoten ist die Bootstrap-Wahrscheinlichkeit. Die Nummer vor dem Artnamen ist die GenBank-Zugangsnummer. Die Genomsequenz in dieser Studie ist mit einem schwarzen Fleck markiert.
PDF zum runterladen [[File:Phylogenetic analysis of the complete mitochondrial genome of Orestias ascotanensis Cyprinodontiformes Cyprinodontidae.pdf]]
notho2
hat folgende Dateien an diesen Beitrag angehängt
Aufgrund eingeschränkter Benutzerrechte werden nur die Namen der Dateianhänge angezeigt Jetzt anmelden!
Phylogenetic analysis of the complete mitochondrial genome of Orestias ascotanensis Cyprinodontiformes Cyprinodontidae.pdf